De las Áreas Naturales Protegidas (ANP) en Chiapas, en la Reserva de la Biosfera la Encrucijada junto con el Santuario Playa de Puerto Arista en el municipio de Tonalá, se conservan la mayoría de los manglares de Chiapas, con una superficie de 28 mil 476 hectáreas, lo que representa el 61.5 por ciento de la superficie que hay en el estado.
Este 26 de junio se conmemora el Día Internacional de la Conservación del Ecosistema de Manglares, es de vital importancia porque estabilizan las costas y las protegen contra la erosión, funcionan como filtros biológicos para mantener la calidad del agua en los humedales costeros, son importantes sumideros de carbono y en sus suelos y sedimentos pueden almacenar hasta 700 toneladas de carbono por hectárea.
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En esta Istmo-Costa se encuentran diversos tipos de vegetación representativos de Chiapas como son los manglares, considerados los más productivos y mejor desarrollados del Pacífico Americano, la Reserva de la Biosfera La Encrucijada posee la mayor riqueza de especies de manglar del país con cinco especies donde comunidades rurales se han sumado a la conservación.
Se identifican en ese sitio el mangle rojo (Rhizophora mangle), madre sal (Avicennia germinans), mangle blanco, (Laguncularia racemosa), mangle negro o botoncillo (Conocarpus erectus) y mangle amarillo (Rhizophora harrisonii); las primeras cuatro se encuentran bajo la categoría de amenazadas de acuerdo con la Norma Oficial Mexicana NOM- 059-SEMARNAT.
En el sitio también se localiza el mangle Guano redondo (Sabal mexicana), Guamuche (Pithecellobium dulce), (Cyperus sp.), Caraguata (Bromelia pinguin), Chaca o palo mulato, palo chaca (Bursera simaruba), Zapote de agua (Pachira aquatica).
La Reserva de la Biosfera la Encrucijada en los municipios de Pijijiapan, Mapastepec, Acapetahua, Villacomaltitlán, Huixtla, Mazatán y Huehuetán, de 144 mil 848 hectáreas, alberga al único bosque de zapotonales existentes en Mesoamérica, además cuenta con tulares, matorral costero, vegetación flotante y subacuática, palmares, selva mediana subperennifolia y selva baja caducifolia.
Este territorio es un reservorio vital de una gran cantidad de especies de flora y fauna amenazadas o en peligro de extinción, es hábitat de aves acuáticas como la garza tigre, se encuentra el 75 por ciento de las especies de aves de Chiapas, aproximadamente 66 por ciento de las aves del país, cuenta con una amplia red hidrográfica constituida por ríos, lagunas costeras, esteros y canales que permiten establecer un intercambio entre las aguas continentales y el mar.
Los recursos naturales se componen de Selva Mediana Subperennifolia
Selva Baja Caducifolia, Vegetación Hidrófila y Tular, entre la fauna emblemática se localiza el Jaguar (Panthera onca), Oso hormiguero (Tamandua mexicana), Perico ala amarilla (Brotogeris jugularis), Cocodrilo americano (Crocodylus acutus), Caimán (Caiman crocodilus), Iguana verde (Iguana iguana), Cigüeña americana (Mycteria americana).
Asimismo, el perico frente naranja (Aratinga canicularis), Armadillo nueve bandas (Dasypus novemcinctus), Zorra gris, zorra (Urocyon cinereoargenteus), Puercoespín (Sphiggurus mexicanus), Boa, boa constrictor (Boa constrictor), Iguana negra (Ctenosaura similis), Tortuga golfina (Lepidochelys olivacea), Tortuga escorpión (Kinosternum scorpioides).
Entre las especies de fauna endémicas se localizan Zacatonero Itsmeño (Peucaea sumichrasti), Colibrí berilo (Amazilia berillyna), Colibrí Frente Verde (Amazilia viridifrons), Matraca chiapaneca (Campylorhynchus chiapensis), Puercoespín Tropical (Coendou mexicanus), Iguana Espinosa Mexicana (Ctenosaura pectinata), Papamoscas Mexicano (Deltarhynchus flammulatus).
Asimismo, Granatelo Mexicano (Granatellus venustus), Chachalaca Pálida (Ortalis poliocephala), Colorín Azulrosa (Passerina rositae), Lagaria-Escamosa Castaño (Sceloporus siniferus), Coa citrina (Trogon citreolus), Casquito de Sonora (Kinosternon sonoriense), Miotis canelo (Myotis fortidens).