Desde el inicio de la actual administración federal, se estableció un nuevo sistema de educación superior en Chiapas, las Universidades Benito Juárez, con el respaldo de la Delegación Estatal de la Secretaría de Bienestar y la Coordinación Estatal de los Programas Integrales para el Bienestar.
En la actualidad, estas universidades ofrecen una variedad de programas académicos, que incluyen licenciaturas en enfermería y obstetricia, ingeniería agroforestal, ingeniería en procesos agroalimentarios, medicina veterinaria y zootecnia, acuacultura y piscicultura, patrimonio histórico, cultural y natural, medicina, medicina integral y salud comunitaria, y estudios sociales.
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A pesar de la diversidad de programas, no fue posible contactar al delegado José Antonio Aguilar Castillejos para obtener información sobre el funcionamiento de estas instituciones. Algunas de estas universidades se ubican en zonas de conflicto, como Chenalhó, Las Margaritas, Venustiano Carranza, Altamirano y Frontera Comalapa.
Según el personal de la delegación de la Secretaría de Bienestar, todas las universidades Benito Juárez en Chiapas están funcionando, pero la supervisión directa está a cargo de Raquel Sosa Elraga, Directora General de las Universidades para el Bienestar Benito Juárez. En Chiapas, estas instituciones no están bajo el control de la Secretaría de Bienestar, y su principal función parece ser la entrega de Becas Jóvenes Escribiendo el Futuro.
En el programa de universidades "Benito Juárez", todos los estudiantes que asisten a estas instituciones reciben una beca mensual de 2,565 pesos durante 10 meses al año, con un total de 45 mensualidades para aquellos que cumplen con los requisitos establecidos.
Los estudiantes que optan por estudiar en estas universidades Benito Juárez disfrutan de varias ventajas, incluyendo la exención de cuotas y cargos, lo que hace que la educación superior sea accesible para más jóvenes en la región.
En Chiapas, las Universidades Benito Juárez están distribuidas en varios municipios, incluyendo Bellavista, Chenalhó, Chilón, Escuintla, Nuevo Momón (en Las Margaritas), La Esperanza (en Las Margaritas), Ocosingo, Ocotepec, Ostuacán, Palenque, Pantepec, Sucumplá (en Salto de Agua), Teopisca, Venustiano Carranza, Altamirano, Amatenango del Valle, Arriaga, Lázaro Cárdenas (en Cintalapa), Frontera Comalapa, Ixtapa, Larráinzar, Jerusalén (en Las Margaritas), San Martín Chamizal (en Palenque), y San Antonio Xochitepec (en Tuzantán), así como en Revolución Mexicana (en Villacorzo).
A pesar de la falta de información detallada sobre el funcionamiento de estas universidades, la iniciativa de las Universidades Benito Juárez representa un esfuerzo significativo para mejorar el acceso a la educación superior en la región y brindar oportunidades educativas a los jóvenes chiapanecos.