A pesar de la riqueza biodiversa de la Reserva de la Biosfera Montes Azules en la Selva Lacandona, es posible realizar actividades agropecuarias, las dos principales son el cultivo de café bajo sombra y el cultivo de cacao, los sistemas que se aplican en las comunidades son orgánicos, sus procesos de producción no utilizan químicos y con ello es posible conquistar nichos de mercado muy exigentes, donde pagan sobre precio por la calidad del producto.
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El responsable de Monitoreo Biológico de la Reserva de la Biosfera Montes Azules de la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP), Francisco Emilio Roldán Velazco, añadió que estos dos cultivos en el Área Natural Protegida abonan a la restauración de los ecosistemas, así como al equilibrio de los mismos, a la retención de la humedad, a la calidad de los servicios ecosistémicos, a la disponibilidad de agua y evitan la erosión de los suelos.
Precisó en entrevista que al tratarse de una Reserva de la Biosfera se busca con las comunidades rurales la integración de la conservación del medio ambiente con el uso sustentable de la naturaleza, el café es uno de los productos que se comercializan a naciones de Europa, además de Estados Unidos, Canadá y Asia.
Por otra parte, Roldán Velazco añadió que las actividades silvopastoriles aumentan la superficie forestal en la Reserva de la Biosfera Montes Azules en los predios ganaderos, mientras que la producción de miel y palma shate promueven la conservación de la vegetación natural, o el ecoturismo que promueven que las comunidades aprovechen sus ecosistemas sin tener que modificarlas sustancialmente.
El ecosistema mejor representado son las selvas húmedas, también alberga bosques mesófilos, bosques de coníferas y grandes zonas con vegetación acuática, mientras que alberga a especies de fauna en peligro de extinción como el jaguar, el pecarí de labios blancos, el tapir, la guacamaya roja y el águila crestada, muchas especies de aves anidan en los campos de café y cacao.